پس از نصب و با بازکردن برنامه مکتبخانه در ابتدا صفحهاصلی که شامل  مشخصات و تنظیمات اولیه  است, مشاهد می شود.

مرحله دوم,تعریف ترم های تحصیلی:کلیک بر روی ترم های تحصیلی وتعریف ترم های تحصیلی با کلیک بر روی ثبت ترم جدید

مرحله سوم,تعریف پایه های تحصیلی:رفتن به منوی پایه های تحصیلی از صفحه اصلی وثبت پایه های تحصیلی با کلیک بر روی ثبت پایه جدید

مرحله چهارم,تعریف دروس ارائه شده:رفتن به منوی دروس ارائه شده و تعریف دروس ارائه شده ب کلیک بروی ثبت درس جدید

مرحله پنجم,تعریف کلاس های درسی :  رفتن به منوی کلاس های درسی و ثبت کلاس درسی با کلیک بر روی ثبت کلاس جدید کلاس

مرحله ششم,ثبت معلمین مدرسه دادن و برنامه هفتگی به معلمین: رفتن به منوی معلین مدرسه از صفحه اصلی وثبت معلم جدید با کلیک بر روی ثبت معلم جدید ودادن برنامه هفتگی معلم با کلیک  بر روی برنامه هفتگی معلم

مرحله هشتم, ثبت دانش آموزان:رفتن به منوی دانش آموزان از صفحه اصلی و ثبت دانش آموزان با کلیک بر روی ثبت دانش آموز جدید